Vos images de microscopie, centralisées et partagées
Une plateforme de gestion d'images scientifiques propulsée par OMERO, installée et maintenue par DINAO. Centralisez, annotez et partagez vos données de microscopie — sur des serveurs français, conformes RGPD.
Qu'est-ce que OMERO ?
OMERO (OME Remote Objects) est la plateforme open source de gestion d'images de microscopie développée par le consortium Open Microscopy Environment (OME). Elle permet d'importer, stocker, organiser, visualiser et partager des images scientifiques et leurs métadonnées, quelle que soit leur provenance, depuis un serveur central accessible par le web ou par des clients dédiés.
Grâce à la bibliothèque Bio-Formats, OMERO lit plus de 150 formats propriétaires (Zeiss .czi, Leica .lif…) et les rend interopérables via les standards ouverts OME-TIFF et OME-Zarr. Les images s'organisent en projets, datasets et écrans, avec tags, annotations, régions d'intérêt et mesures indexés et recherchables.
L'écosystème comprend des clients et modules puissants : OMERO.web pour la navigation, OMERO.iviewer pour la visualisation multidimensionnelle, OMERO.figure pour composer des figures de publication, ainsi qu'une API Python et des intégrations avec ImageJ/Fiji, QuPath et CellProfiler. OMERO gère groupes, rôles et permissions fines, idéal pour les plateformes d'imagerie partagées.
Hébergez OMERO chez DINAO
Paliers de ressources compatibles avec les pré-requis de OMERO (2 vCPU / 4096 Mo / 30 Go minimum). Hébergé en France, infogéré.
- 2 vCPU alloués
- 4 Go de RAM
- 40 Go NVMe
- Sauvegardes quotidiennes
- Infogéré & supervisé par DINAO
- 4 vCPU alloués
- 8 Go de RAM
- 80 Go NVMe
- Sauvegardes quotidiennes
- Infogéré & supervisé par DINAO
- 8 vCPU alloués
- 16 Go de RAM
- 160 Go NVMe
- Sauvegardes quotidiennes
- Infogéré & supervisé par DINAO
1 palier(s) masqué(s) (ressources insuffisantes pour cette app) : Découverte
Hébergement OMERO managé en France
Héberger OMERO soi-même suppose un serveur à maintenir, des mises à jour de sécurité, des sauvegardes et de la supervision. Avec notre hébergement OMERO managé, vous utilisez l'application : nous opérons l'infrastructure.
- Déploiement en quelques minutes, version maintenue à jour
- Sauvegardes quotidiennes incluses
- Supervision continue, données hébergées en France (RGPD)
- Envie de self-hosted avec accès root ? OMERO s'installe aussi sur notre VPS Docker.
Détails techniques
Vous vous demandez…
Quels formats d'images OMERO prend-il en charge ?
Grâce à Bio-Formats, OMERO lit plus de 150 formats de microscopie propriétaires (Zeiss .czi, Leica .lif, Nikon, Olympus…) et les expose dans des formats ouverts comme OME-TIFF et OME-Zarr, sans conversion manuelle.
Puis-je connecter ImageJ, Fiji ou QuPath ?
Oui. OMERO dispose de plugins et d'une API Python qui permettent d'accéder aux images depuis ImageJ/Fiji, QuPath, CellProfiler et vos propres scripts d'analyse, sans dupliquer les fichiers.
Comment partager des images avec mes collègues ?
OMERO gère des groupes et des permissions fines. Vous partagez projets et datasets au sein de votre équipe, ou générez des liens publics en lecture seule pour accompagner une publication scientifique.
Où sont hébergées mes données scientifiques ?
Sur l'infrastructure DINAO en France, dans un des datacenters disponibles. Vos images et métadonnées ne quittent pas le territoire, conformément au RGPD.
Le stockage est-il extensible ?
Oui. Le volume image démarre selon votre formule et s'étend à la demande à mesure que vos acquisitions grandissent, sans migration ni interruption de service.
Cette application est-elle testée avant d'être proposée ?
Oui. La version 5 a été déployée sur notre infrastructure le 4 septembre 2026 et son démarrage a été vérifié automatiquement : tous les services attendus doivent répondre pour que la fiche porte cette mention. Le modèle de déploiement utilisé a été mis à jour pour la dernière fois le 3 juillet 2026. Chaque nouvelle version publiée par l'éditeur relance ce test : la date ci-dessus suit donc la version réellement proposée.
Que couvre exactement l'infogérance ?
L'infogérance DINAO est incluse dans le prix de votre conteneur. Elle couvre le fonctionnement technique du serveur et des couches logicielles : système, base de données, environnement d'exécution et application (installation, mises à jour de sécurité, sauvegardes, supervision). Elle n'inclut pas l'aide à l'utilisation quotidienne de l'application, qui reste de la compétence du client. Elle est fournie en « best effort », dans le cadre d'une obligation de moyens : vos demandes sont traitées selon leur nature et leur criticité, dans l'ordre de priorité déterminé par DINAO au regard notamment de l'impact sur la disponibilité du service. Aucun délai de prise en compte ni de rétablissement n'est garanti : ce niveau ne comporte ni garantie de temps d'intervention (GTI), ni garantie de temps de rétablissement (GTR). La supervision technique est automatique 24h/24 et 7j/7 — une indisponibilité est détectée sans intervention de votre part ; les interventions humaines sont assurées aux jours et heures ouvrés de DINAO, hors jours fériés. Si votre activité demande davantage — traitement prioritaire, plage d'intervention élargie, engagements de délai, rétention de sauvegarde étendue ou copie sur un second site —, des formules d'infogérance étendue peuvent être mises en place : leur contenu et leur tarif sont établis avec vous selon vos besoins. Contactez notre service Conteneur applicatif pour en discuter.
