Vos images de microscopie, centralisées et partagées
Une plateforme de gestion d'images scientifiques propulsée par OMERO, installée et maintenue par DINAO. Centralisez, annotez et partagez vos données de microscopie — sur des serveurs français, conformes RGPD.
Qu'est-ce que OMERO ?
OMERO (OME Remote Objects) est la plateforme open source de gestion d'images de microscopie développée par le consortium Open Microscopy Environment (OME). Elle permet d'importer, stocker, organiser, visualiser et partager des images scientifiques et leurs métadonnées, quelle que soit leur provenance, depuis un serveur central accessible par le web ou par des clients dédiés.
Grâce à la bibliothèque Bio-Formats, OMERO lit plus de 150 formats propriétaires (Zeiss .czi, Leica .lif…) et les rend interopérables via les standards ouverts OME-TIFF et OME-Zarr. Les images s'organisent en projets, datasets et écrans, avec tags, annotations, régions d'intérêt et mesures indexés et recherchables.
L'écosystème comprend des clients et modules puissants : OMERO.web pour la navigation, OMERO.iviewer pour la visualisation multidimensionnelle, OMERO.figure pour composer des figures de publication, ainsi qu'une API Python et des intégrations avec ImageJ/Fiji, QuPath et CellProfiler. OMERO gère groupes, rôles et permissions fines, idéal pour les plateformes d'imagerie partagées.
Hébergez OMERO chez DINAO
Paliers de ressources compatibles avec les pré-requis de OMERO (2 vCPU / 4096 Mo / 30 Go minimum). Hébergé en France, infogéré.
- 2 vCPU dédiés
- 4 Go de RAM
- 40 Go NVMe
- Sauvegardes quotidiennes
- Infogéré & supervisé par DINAO
- 4 vCPU dédiés
- 8 Go de RAM
- 80 Go NVMe
- Sauvegardes quotidiennes
- Infogéré & supervisé par DINAO
- 8 vCPU dédiés
- 16 Go de RAM
- 160 Go NVMe
- Sauvegardes quotidiennes
- Infogéré & supervisé par DINAO
1 palier(s) masqué(s) (ressources insuffisantes pour cette app) : Découverte
Détails techniques
Vous vous demandez…
Quels formats d'images OMERO prend-il en charge ?
Grâce à Bio-Formats, OMERO lit plus de 150 formats de microscopie propriétaires (Zeiss .czi, Leica .lif, Nikon, Olympus…) et les expose dans des formats ouverts comme OME-TIFF et OME-Zarr, sans conversion manuelle.
Puis-je connecter ImageJ, Fiji ou QuPath ?
Oui. OMERO dispose de plugins et d'une API Python qui permettent d'accéder aux images depuis ImageJ/Fiji, QuPath, CellProfiler et vos propres scripts d'analyse, sans dupliquer les fichiers.
Comment partager des images avec mes collègues ?
OMERO gère des groupes et des permissions fines. Vous partagez projets et datasets au sein de votre équipe, ou générez des liens publics en lecture seule pour accompagner une publication scientifique.
Où sont hébergées mes données scientifiques ?
Sur l'infrastructure DINAO en France, dans un des datacenters disponible. Vos images et métadonnées ne quittent pas le territoire, conformément au RGPD.
Le stockage est-il extensible ?
Oui. Le volume image démarre selon votre formule et s'étend à la demande à mesure que vos acquisitions grandissent, sans migration ni interruption de service.
